1865年来临了。为了南下作战的需要对部队进行了整编补充。在对湘军作战之初，第一师和第三师的大批老兵骨干就被抽调补充第二军部队，甚至整连整营成建制补充到第二军各师及其刘奋战第二师。随即将地方部队和部分民兵补充进主力部队。部队人数增加。军校教导队培养军官和士官加民兵日常训练储备后备兵员的制度大显威力。到了年底，人员被大批抽调的第一师、第三师人数不但没有减少反而训练出了更多新部队。成了前方的部队选练基地。
为了大举南下西进统一全国。必须改变这种临时抽调的办法。
1月份军委会下达了中华军部队整编命令。
以在华北的第一师为基本成立第一兵团，将直隶、山东、山西一些地方部队纳入野战军体系，并从民兵中征召一部分人员参军。第一兵团下设5个师，防区包括京津、直隶、山东、山西。总兵力约5万人。第一兵团司令由辛兴担任。
第一骑兵师并入绥远军区，该军区负责内外蒙古区域的防务，共有4个师野战部队，其中两个骑兵师。总兵力4万人。董天赐任军区司令员，耿仲民任副司令员，刘
任政治委员。以第二军第五、第六、第七为基干组建第二兵团，第二兵团下设军一级单位，第一军下属四个师，总兵力4万人，第二军下属三个师，总兵力3万人。张林担任兵团司令，严学文兼任政委。朱贵任参谋长。第一军军长赖文光（暂时因学习未到任，由朱贵暂时兼任）。第二军军长姚大喜。第二兵团现驻防地域包括河南，湖北大部和安徽西部。该兵团负有向南进攻两湖向西攻略陕南汉中地区以及控制出川峡口的战略任务。
以原刘奋战第二师为基本组建第三兵团，原淮河军分区部队划入该兵团。兵团下属三个师总兵力约4万人，淮河舰队及未来的长江舰队暂归该兵团指挥。驻防区域从苏北到安徽的长江以北地区。负有牵制当面敌人并在必要时渡江攻取南京、安庆等要地并进军江西、浙江等地区的任务。刘奋战任司令员，秋永年任政治委员。
以秦雄第三师为基干组建第四兵团，辖四个师及黑龙江舰队。总兵力4万人。负责东北老三省、新三省以及千岛群岛的防务。
以齐岳的第四师为基干组建第五兵团，下辖三个师。总兵力约2万5千人。现防区为关中及陕北、宁夏。渭河快艇大队以及冯果航空队暂由该兵团指挥。这是一个唯一水陆空兵种齐全的部队。特别是冯果航空队不仅补充了50名动力伞兵，还把试飞完成的12架双翼轻型螺旋桨飞机装备了部队。广阔的西北地区是我们演练航空兵的绝好地区。既可以在战场上锻炼新生的航空兵又不至于过早在西方列强方面暴
我们的这个大秘密。就是有人看见到外面谈论起来，西方人也会认为这是一个阿拉伯飞毯式的神话，谈论者是被战争吓疯了的胆小鬼。在空气动力学方面我们处于绝对领先的位置。这个学科我们是不对外开放交流的，同样，电子通讯以及石油化工，内燃机制造方面都是我们的绝密项目，秘密等级高于火炮和
支制造。处于领先地位而又对外开放交流的也有一些，主要是医学的一些科目以及制藥行业与西方互通有无。飞机研发和制造的机构、人员设备都迁到了西安附近。第五兵团司令员齐岳。该兵团不仅要配合第二兵团进军陕南汉中地区，还肩负压制四川敌军可能的攻击并相机进入甘肃青海接受控制地方平灭地方叛
，以及稍晚些时间的进军新疆的任务。或许还会与沙俄发生冲突。除了野战部队，第5兵团还管辖了一部分铁道工程部队，目前他们正在夜以继
加紧把铁路从西安向宝
延伸。当地也雇佣了大量民工参加这一工程。崔明贵第三军改编为第三摩托化集团军。兵力仍然只有1万人，但是装备数量和质量都大有增长。仍然是总部直属的王牌突击力量。崔明贵任集团军司令员。
以上主力野战部队加上总部机关，后方医院等等。正规陆军总兵力达到了26个师，又一个摩托化军附一个航空大队，29万人。军事院校人员不在此列。各兵工厂开足马力为部队补充武器弹藥，新编成的部队加紧训练磨合。炮兵优先集中于南线两个兵团。这两个兵团除了兵团直属炮兵外，每师配属一个炮兵营。每个步兵连配一门迫击炮和两
重机。海军现有各种舰艇总吨位1万3千余吨。海军加上基地后勤人员总兵力1万五千人。
另外，工业部队统一编成了工业建设兵团。分为铁道、矿山、军事生产、军事工程建设等若干兵种，下辖10个师，20万人。东北地区的军工生产归第四兵团负责，人员不在此列。
中华军正规化建设初步成型。军队仍然由军委会指挥，设参谋部负责具体指挥，执行军委会的命令。在陈浩一再要求下，由徐亮出任中华军总司令、陈浩任副总司令兼军政大学校长，董大海担任总参谋长，王平担任总后勤部部长，严学文任政治部主任。整编后的中华军初步有了西方列强军队的大致模样。军衔制度也在酝酿之中。计划在完成统一
迫清帝退位之后实行。
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