大明摄政王二年(1645年)三月至三年(1646年)十一月，在护龙军统一战争中，进行了绞杀张献忠大西政权的作战。大明摄政王元年(1644年)十一月，农民军领袖张献忠于成都称帝，国号大西。时护龙军主力正于山东、陕西与李自成大顺军作战，后又进军东南，与南明弘光政权作战，无暇西顾。
大西军在四川，主要与故明残军及官绅武装作战。二年十一月，大明摄政王龙辰以驻防西安内大臣李九成为定西大将军，领诸路兵马进兵四川，征剿大西军。
三年正月，大明摄政王龙辰又增派靖远大将军朴正恩入川。这样，大西军同时面临故明军队与护龙军主力的两面进攻，局势严重。
三月，故明川陕总督樊一蘅、兵部尚书四川督师王应熊，会师泸州(今属四川)，约期进攻大西军。故明参将杨展，亦攻大西军，取嘉定(治今四川乐山)，占领川南诸州县。
大西军十余万众试图顺长江东进湖北，遭到阻拦，于彭山(今四川眉山以北)败于杨展，退回成都。五月初五rì，朴正恩率部由西安向汉中进发。十八rì，护龙军抵
头关，击败大西军；及抵汉中，又击溃大西军贺珍营。二十五rì，朴正恩遣麾下数将等分别于汉中、西乡(今属陕西)追击大西军贺珍、孙守法部和刘体纯部。
这时，故明总兵曾英、参将王祥联兵趋成都。在护龙军和明军、乡绅武装的多路进攻下，大西军于七月放弃成都，撤往陕西，“以蹑敌后”
十一月，朴正恩率部抵四川南部县，大西军保宁(今四川阆中)守将刘进忠归降。
时大西军尚有部众数十万，列营于西充县境。朴正恩以降将刘进忠为向导，自己亲自为先锋，星夜兼程，进击大西军。
二十七rì凌晨，护龙军抵西充。时大雾弥空，大西军哨兵报后营路有盔甲声，张献忠谓其煽惑军心，立斩哨兵数人。
不多时护龙军已到，张献忠急率部将出营，至凤凰山。时护龙军已及营门，仅一小溪之隔。张献忠方引弓，却被朴正恩军中火
手shè中，阵亡。大西军顿时惊溃，护龙军四出追击，破一百三十余营。大西政权亡。孙可望、李定国等收集余部，由顺庆(今四川南充)南奔，后于川滇黔地区坚持抵抗护龙军。
此后，朴正恩乘胜攻入四川中南部之荣昌、隆昌、富顺、内江、资
、夔州及贵州之遵义等地，至顺治五年(1648年)二月，四川略定，班师回京。征讨大西的过程中，朴正恩谨慎行军作战的风格得到最大发挥，以步步为营的方阵硬是将张献忠慢慢
入了绝境，最后也算是张献忠命已该绝，死于
军之后，看似人数众多的大西军皆是作鸟兽散。再次向世人证明了，这些看似强大的农民军，不过是乌合之众罢了。
大明摄政王二年(南明弘光元年，1645年)，在清灭南明弘光政权之战中，南明弘光朝兵部尚书史可法督率扬州军民抗御护龙军围攻的城池守卫战。
扬州是长江以北的重镇，又是弘光朝廷所在地南京的门户。史可法于弘光元年(1644年)五月始，便着手以扬州为中心的防御。他将高杰、刘良佐、刘泽清、黄得功四部，分别部署于泗州(今安徽泗县)、临淮、淮安、庐州，自驻扬州，节制调遣。此时，护龙军主力正在两路进攻陕西李自成大顺农民军，暂时无暇顾及南方，然而南明弘光朝廷并未如史可法所请，乘机率师北伐，而是忙于内讧火并、争权夺利，把希望寄托于向护龙军求和，南北划江而治。
大明摄政王二年正月，定国大将军冉义率军攻克潼关，破陕之局已定，便奉大明摄政王龙辰之命转兵东南，兵锋直指南明。
与此同时，南明派往běi jīng讲和的使臣左懋第被扣留，南北和议宣告失败。
显然，战争的中心已由西北转向东南。史可法见情势危急，檄招江北各镇支援扬州，仅总兵刘肇基率所部4000人自高邮(今属江苏)入援。
四月十七rì，护龙军前锋进抵扬州城郊，集结兵力，搜罗船只。十八rì，冉义率主力兵临扬州城下，先派明降将李遇chūn等劝降，遭史可法拒绝。
护龙军随即发起攻城。史可法泣谕士民，为死守计，督万余官兵登陴分守各门，自守旧城西门险要。刘肇基守西北门。二十二rì，总兵李栖凤、监军高岐风率4000余人乘夜出降，使城中守备更加薄弱。二十三rì，总兵刘肇基请求，乘敌不备，背城一战，未被史可法接受。
护龙军连rì由四面向城中发炮，屡毁城墙。史可法督军民以草袋盛土填障，修补城墙，多次击退护龙军的进攻，杀护龙军数千。同时，史可法血疏告急，请求援兵，不应。
此间，护龙军多次劝降，均被拒绝。二十四rì，护龙军从泗州运来红夷大炮。二十五rì，冉义集巨炮猛轰城西北隅，城破。护龙军垒尸为梯，蜂拥攀援入城。
史可法被俘，冉义敬重其忠义，命兵士好生看押，不得
待，送到běi jīng由摄政王龙辰去定夺处置。这时，孟氏在江南各地的秘密粮库帮了护龙军的大忙，不仅解决了护龙军自身的粮草问题，还能间接地可以拿这些粮草来收买人心。
史可法在守城时曾蛊惑扬州百姓说：城若破，护龙军必定屠城。
然而，在冉义破城之后，并没有行大肆屠戮之举，而是分发军粮给饥荒严重的扬州百姓，史料记载，扬州百姓心服之。而冉义，也因为在对南明作战中的一系列亲民作风，给他赢得了极好的声誉，甚至在后来一度演变成用冉义的肖像做门神的习俗，那一杆长
，永远矗立在江南百姓心中。而后来，在大明摄政王龙辰亲自命人修撰的功过录中，就写到了史可法为求一人之名声置千万扬州百姓xìng命于不顾之事，执笔者深刻剖析了史可法的内心世界，并且将其血淋淋的呈现出来。
据说，这一册内容有人拿给了被看押在běi jīng的史可法看，史可法看了后痛哭
涕，在当夜自尽。
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